序列比对算法中的BW变换索引技术研究及其改进

• 作者: 徐云 程昊宇 赵雅男
• 来源期刊: 计算机工程
• 学科: 工学
• 关键词: 序列比对 索引 BW变换索引 第二代测序 第三代测序 大规模长序列比对
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 所属期刊栏目: 开发研究与工程应用
• 页码范围: 282-286
• 页数: 5页
• 分类号: TP301.6
• 字数: 3520字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-3428.2016.01.050

摘要

面向大规模长序列的序列比对问题是生物信息学中最重要的基础问题之一.针对序列比对算法的主流索引技术BW变换(BWT)进行研究,提出一种新的二阶BWT索引方法.与传统BWT方法的逐位索引查找不同,改进后的BWT方法按双位索引查找.实验结果表明,改进后的方法减少了序列比对算法中的循环遍历和计算次数,降低了序列比对算法中索引方法的复杂度,提高了查找效率,尤其适合长序列和大规模序列的索引和查找.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐云	中国科学技术大学计算机科学与技术学院	79	411	13.0	16.0
3	赵雅男	中国科学技术大学计算机科学与技术学院	1	4	1.0	1.0
9	程昊宇	中国科学技术大学计算机科学与技术学院	2	4	1.0	2.0