基于cDNA-SCoT差异显示的甘蔗应答水分胁迫基因表达谱分析

• 作者: 吴凯朝 吴建明 徐林 曹辉庆 杨丽涛 蒋胜理 邓智年 魏源文 黄诚梅
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 甘蔗 cDNA-SCoT 水分胁迫 复水 基因表达谱
• 年，卷（期）: 2016,（12）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子生物学
• 页码范围: 1999-2008
• 页数: 10页
• 分类号: S566
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2016.12.1999

摘要

[目的]研究甘蔗应答水分胁迫差异基因表达,进一步探究甘蔗应答水分胁迫的分子机制,为开展甘蔗抗旱综合性遗传改良研究提供科学依据.[方法]选用GT11为材料,分别构建对照、干旱、复水3个处理总RNA混合池,使用cDNA-SCoT差异显示构建GT11伸长期应答水分胁迫的基因表达谱,筛选、分离TDFs进行测序,在NCBI数据库进行BLAST同源性检索,根据同源基因推测基因功能.[结果]通过42条SCoT引物筛选得到180个TDFs,有100个TDFs与NCBI数据库中已录入的基因具有较高的相似性,根据同源基因功能可分为14类:新陈代谢相关基因(11个)、能量代谢相关基因(12个)、运输途径相关基因(5个)、通信及信号转导相关基因(6个)、细胞循环及DNA加工相关基因(3个)、转录调控因子相关基因(3个)、蛋白质合成相关基因(17个)、蛋白质加工相关基因(1个)、结合功能蛋白相关基因(7个)、环境互作相关基因(3个)、转座子、毒性及质粒蛋白相关基因(5个)、细胞成分生物合成相关基因(1个)、防御相关基因(4个)和未知功能蛋白基因(22个).[结论]甘蔗应答水分胁迫调节途径具有多样性、复杂性、协调性和网络性;应用cDNA-SCoT差异显示筛选获得水分胁迫相关TDFs,可为进一步研究甘蔗应答水分调控途径的分子机理提供重要信息.