芥菜型油菜A9染色体BAC物理图谱构建及比较基因组分析

• 作者: 刘忠松 刘旭东 刘显军 刘芳瑛 徐海鹏 王卓 胡学芳 陆赢
• 来源期刊: 作物研究
• 学科: 农学
• 关键词: 芥菜型油菜 A9染色体 物理图谱 比较基因组
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 347-352
• 页数: 6页
• 分类号: S565.403.2
• 字数: 5033字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16848/j.cnki.issn.1001-5280.2016.04.01

摘要

为获得高精确度的芥菜型油菜A9染色体物理图，本研究利用定位在A9染色体上的标记对芥菜型油菜BAC文库进行三维混合PCR筛选，共得到阳性BAC 3200个；构建了由16个重叠群、5个单拷贝组成的芥菜型油菜A9染色体物理图谱。根据最小路径原则挑选代表整个物理图的种子BAC 435个，并进行双末端测序，得到质量良好的序列862条；按照BAC平均插入片段为126 kb，可知所有重叠群累积达52.08 M，覆盖A9染色体的1.37倍。利用BLAST软件（按参数值E＜1e－10）将种子BAC末端序列比对到白菜和甘蓝型油菜A9染色体假分子上，结果显示该物理图谱分别覆盖了36.4、31.0 Mb的物理距离，相当于全基因组组装长度的93.9％、91.8％；在862条BESs中，分别有702条（81.40％）定位在白菜A9染色体上，646条（74.9％）定位在甘蓝型油菜A9染色体上，表明芥菜型油菜A9染色体同白菜A9染色体同源性高于甘蓝型油菜A9染色体；芥菜型油菜A9染色体同甘蓝型油菜A9染色体，相对白菜A9染色体6413031～7827177、14856710～18458808的位置发生了两处相同的分别长为1.4、3.6 Mb的倒位，白菜和芥菜型油菜A9染色体相对于甘蓝型油菜15676847～16064302的区域存在长为0.98 Mb的插入片段，该区域位于前述的倒位区域，而且与预测但未组装出的甘蓝型油菜着丝粒位置一致。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘忠松	湖南农业大学油料作物研究所	76	742	15.0	24.0
2	刘显军	湖南农业大学油料作物研究所	14	124	6.0	11.0
3	陆赢	湖南农业大学油料作物研究所	9	38	3.0	6.0
4	胡学芳	湖南农业大学油料作物研究所	5	12	2.0	3.0
5	王卓	湖南农业大学油料作物研究所	2	5	2.0	2.0
6	刘旭东	湖南农业大学油料作物研究所	3	5	2.0	2.0
7	徐海鹏	湖南农业大学油料作物研究所	3	4	1.0	2.0
8	刘芳瑛	湖南农业大学油料作物研究所	3	3	1.0	1.0