草珊瑚叶片全长cDNA文库构建及EST序列分析

• 作者: 何天友 姚旺 沈少炎 荣俊冬 谢德金 郑郁善 陈礼光
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 草珊瑚 全长cDNA 表达序列标签(EST) 基因注释 GO功能注释
• 年，卷（期）: 2016,（23）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 4235-4241
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2016.23.020

摘要

目的 构建草珊瑚Sarcandra glabra叶片全长cDNA文库,进一步发掘与草珊瑚代谢及抗逆相关的基因,为草珊瑚功能基因的发现提供实验基础.方法 以草珊瑚的嫩叶为实验材料,利用SMART法(即Clontech公司SMARTer试剂盒)构建草珊瑚全长cDNA文库.利用ABI3730 DNA序列分析测序获得大量的EST序列,利用生物信息分析方法对EST序列进行功能注释.结果 构建了草珊瑚叶片的全长cDNA文库,经过鉴定草珊瑚cDNA文库的文库滴度为1.14×107 cfu/mL,平均插入片段为1 000bp.利用该文库测序了221个单克隆,共获得EST序列177条,拼接出151个单一序列;利用NCBI数据库进行同源比对分析,共有119条(79％)与已知基因有显著的同源性,进行GO功能注释,显示其表达术语涉及了细胞生长,信号转导,蛋白质合成、转录,抗逆反应以及能量代谢等.结论 构建了符合要求的草珊瑚叶片全长cDNA文库,并对相关EST序列进行了生物信息学分析,为草珊瑚基因组学研究提供一定的参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郑郁善	福建农林大学林学院	303	2600	26.0	39.0
5	陈礼光	福建农林大学林学院	136	1297	21.0	30.0
6	荣俊冬	福建农林大学林学院	178	835	14.0	19.0
7	何天友	福建农林大学园林学院	110	409	10.0	14.0
8	沈少炎	福建农林大学园林学院	13	56	3.0	6.0
9	谢德金	福建农林大学林学院	13	24	2.0	4.0
10	姚旺	福建农林大学林学院	2	3	1.0	1.0