基于模型选择的差异基因和异构体检测

• 作者: 刘学军 张礼 王黎黎
• 来源期刊: 数据采集与处理
• 学科: 工学
• 关键词: RNA-seq 差异检测 多源映射 模型选择 贝叶斯因子
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 页码范围: 965-973
• 页数: 9页
• 分类号: TP391.9
• 字数: 5594字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16337/j.1004-9037.2016.05.013

摘要

基因和异构体差异表达分析是获取基因和异构体功能的重要途径,现已成为生物信息学的一个重要领域。RNA-seq是一种高通量测序技术,近年来广泛用于转录组研究。RNA-seq数据的读段多源映射现象给差异异构体检测带来挑战。针对该问题,本文采用先计算基因和异构体的表达水平,再进行差异分析的方法,以计算表达水平的PGseq模型为基础,采用贝叶斯因子方法进行模型选择,提出一个新的差异检测方法PG_bayes,解决了基因和异构体两方面的差异检测问题。将 PG_bayes 应用于人类和小鼠共4个真实数据集中,并与目前流行的差异检测方法进行对比。实验结果表明,PG_bayes 方法在差异基因和差异异构体检测中具有较高的准确度和灵敏度,并且在差异异构体检测方面表现出优势。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张礼	南京航空航天大学计算机科学与技术学院	12	38	4.0	5.0
2	刘学军	南京航空航天大学计算机科学与技术学院	31	236	7.0	14.0
3	王黎黎	南京航空航天大学计算机科学与技术学院	2	18	2.0	2.0