基于RNA-seq的黄蜻头部转录组测序与分析

• 作者: 曹玲珍 葛怡情
• 来源期刊: 四川动物
• 学科: 生物学
• 关键词: 黄蜻 转录组 测序 基因分析 功能注释
• 年，卷（期）: 2016,（6）
• 所属期刊栏目: 基础资料
• 页码范围: 852-859
• 页数: 8页
• 分类号: Q963
• 字数: 6012字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11984/j.issn.1000-7083.20160227

摘要

利用RNA-seq技术对黄蜻Pantala flavescens (Fabricius)头部细胞的全部转录本进行测序、功能分析.提取黄蜻头部总RNA,反转录得到cDNA,在Illumina平台上进行测序,经拼接、组装、聚类后获得全部unigenes,并将所得的unigenes与数据库比对,对其进行功能注释和分类.总共得到47 039 040条碱基序列,包含了7 102 895 040个碱基序列信息,碱基G和C的数量总和占总碱基数量的44.05％.将测序结果进行组装,组装所得到的unigenes为34 406 502条,对所得到的unigenes进行不同的数据库注释,共有44 499条unigenes被注释到数据库,其中有大量unigenes与代谢过程、结合活性、催化活性和细胞进程有关.与COG数据库比对,根据功能可以分为26类,其中信号转导机制最为丰富.与KEGG数据库比对,线粒体基因在所测样本中最为丰富,与KEGG ORTHOLOGY注释后,代谢活动基因最为丰富.这些与线粒体和代谢有关的基因与我们研究中与黄蜻迁飞基因相关,为后续研究奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	曹玲珍	江西师范大学生命科学学院鄱阳湖湿地与流域研究教育部重点实验室	5	5	1.0	2.0
2	葛怡情	江西师范大学生命科学学院鄱阳湖湿地与流域研究教育部重点实验室	1	3	1.0	1.0