舌鳞癌组织长链非编码RNA的Ion Torrent高通量检测和分析

• 作者: 朴正国 李志强 梁军 欧阳可雄 白植宝 赵建江 邹瑞
• 来源期刊: 广东牙病防治
• 学科: 医学
• 关键词: 长链非编码RNA 舌鳞癌 高通量测序
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 15-19
• 页数: 5页
• 分类号: R739.86
• 字数: 3140字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12016/j.issn.2096-1456.2016.01.003

摘要

目的 研究舌鳞癌组织及其癌旁组织之间长链非编码RNA( long non-coding RNA,LncRNA)表达谱的差异,探讨LncRNA在基因调控中的作用. 方法 应用Ion Torrent高通量测序技术对1例新鲜舌鳞癌组织及其癌旁组织的LncRNA表达谱进行检测比较. 将测出的LncRNA序列和Ensemble 6. 8数据库中LncRNA的数据进行比对,用Bowtie2的方法挑出LncRNA的读序,然后用Cufflinks方法计算LncRNA每百万读序中来自某基因每千碱基长度的读序数( reads per kilo bases per million reads,RPKM). 截取癌症组织比癌旁组织RPKM值大于10和小于0. 1的LncRNA作为候选目标. 结果 纳入候选目标LncRNA的有52个,其中表达上调的有28个,表达下调的有24个. 结论 舌鳞癌组织和癌旁组织中存在差异表达的LncRNA分子,提示其靶基因有可能成为舌鳞癌基因治疗的潜在靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	梁军	中山大学附属第五医院口腔科	59	235	9.0	11.0
2	白植宝	广州市第一人民医院口腔科	16	56	5.0	6.0