ssc-miR-486靶基因预测及生物信息学分析

• 作者: 张秀秀 苗向阳 郭云涛 黄万龙
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 生物学
• 关键词: ssc-miR-486 生物信息学 脂肪沉积 猪
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 页码范围: 62-70
• 页数: 9页
• 分类号: Q78
• 字数: 7712字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.2016.05.010

摘要

通过对 ssc-miR-486进行靶基因预测及生物信息学分析，以探索其影响猪脂肪沉积的作用机制。首先利用实时荧光定量 PCR 技术对脂肪沉积能力相差较大的莱芜猪和大白猪皮下脂肪组织中 ssc-miR-486表达情况进行比较研究，然后利用 miRBase、Ensembl、NCBI 等数据库及 miRanda、PITA、RNAhybrid、Cytoscape、JASPAR、Promoter Scan 等软件对 ssc-miR-486进行生物信息学分析，包括保守性分析、转录因子结合位点预测、靶基因预测、GO 富集分析和 KEGG信号通路富集分析。结果表明，ssc-miR-486在脂肪沉积能力较强的莱芜猪皮下脂肪组织中发生显著上调。生物信息学分析结果发现，miR-486在各物种间非常保守，ssc-miR-486启动子区域有 SREBP1、SREBP2等多个转录因子结合位点，获得的229个靶基因显著富集于脂质代谢、脂质生物合成、细胞代谢等生物学过程及类固醇生物合成、磷脂肌醇代谢、PPAR 等信号转导通路中。结果表明，ssc-miR-486参与了猪脂肪沉积或脂肪代谢的调控，为今后研究脂肪沉积提供基础理论支撑。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	苗向阳	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	71	407	11.0	16.0
2	张秀秀	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	7	33	3.0	5.0
3	黄万龙	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	6	30	3.0	5.0
4	郭云涛	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	5	15	3.0	3.0