基于miRNAs芯片的喉鳞状细胞癌致癌机制的初步分析

• 作者: 冯凌 刘晓琴 刘红刚 廉猛 房居高 时倩 王海舟 王茹 翟杰 马泓智
• 来源期刊: 中国耳鼻咽喉头颈外科
• 关键词: 肿瘤,鳞状细胞 微RNAs 芯片分析技术 计算生物学
• 年，卷（期）: 2016,（9）
• 所属期刊栏目: 喉癌专题
• 页码范围: 501-506
• 页数: 6页
• 字数: 3596字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16066/j.1672-7002.2016.09.003

摘要

目的： miRNA芯片筛选与喉鳞状细胞癌（laryngeal squamous cell carcinoma，LSCC）形成相关的差异miRNAs，结合生物信息学分析确定并进一步验证具有诊疗价值的目标 miRNAs。方法AffymetrixGeneChipmiRNAArray3.0芯片对5对LSCC组织及相应的癌旁组织行差异miRNAs的筛选，原始数据上传Gene Expression Omnibus数据库。采用Mev软件中配对方式t检验进行芯片探针的差异分析，经Affymetrix Analysis Center分析后将差异探针转换为差异表达的miRNAs；选择我们前期工作确定的微小染色体维持蛋白4（mini chromosome maintenance protein4，MCM4）作为核心基因，采用Mirfocus数据库生物信息学分析MCM4的调控miRNAs并结合相关文献确定目标miRNAs；采用RT-PCR在另外21对LSCC组织及相应的癌旁组织中验证目标miRNAs。结果经差异筛选分析，有127个差异表达的miRNAs，其中78个miRNAs在肿瘤组织中高表达，49个miRNAs在肿瘤组织中低表达；采用Mirfocus数据库生物信息学分析参与核心基因MCM4的调控miRNAs并结合相关文献，确定高表达的hsa-miR-183-5p、hsa-miR-24-3p为与MCM4调控作用相关的目标miRNAs；hsa-miR-30a-5p为另一个潜在的目标miRNA，且在肿瘤组织中低表达；通过RT-PCR验证这3个差异表达的目标miRNAs与芯片筛选结果一致。结论基于miRNAs芯片筛选分析得到的hsa-miR-183-5p、hsa-miR-24-3p及hsa-miR-30a-5p对LSCC的发生发展具有重要调控作用，可作为潜在的诊疗靶点。