基于RNA-seq的杜氏盐藻全转录组测序与分析

• 作者: 关方霞 张彦婷 朱相展 朱立强 李庆华 薛乐勋
• 来源期刊: 郑州大学学报（医学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 杜氏盐藻 转录组 RNA-seq
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 289-293
• 页数: 5页
• 分类号: Q781
• 字数: 3023字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13705/j.issn.1671-6825.2016.03.001

摘要

目的:利用RNA-seq技术对杜氏盐藻细胞的全部转录本进行测序、功能分析.方法:提取杜氏盐藻总RNA,反转录得cDNA,在Illumina平台上进行测序,经拼接、组装、聚类后获得全部unigene,并将所得unigene与数据库比对,对其进行功能注释和分类.结果与结论:共得到197 295个unigene,将获得的unigene与NR、SWISS-PROT、CDD、KEGG和TREMBI数据库进行比对,有89 800个unigene获得注释.其中95 767个unigene映射到GO的不同功能节点;5 710个unigene获得COG注释,并分为22个功能分类;9 497个unigene获得了KEGG注释,映射到282条信号通路.所得杜氏盐藻的转录组信息为今后相关研究与应用提供了丰富的资源和线索.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	薛乐勋	郑州大学生命科学学院	140	1187	18.0	26.0
2	关方霞	郑州大学生命科学学院	64	248	9.0	12.0
3	李庆华	郑州大学生命科学学院	20	74	6.0	7.0
4	朱立强	郑州大学第二附属医院检验科	11	39	3.0	6.0
5	朱相展	郑州大学生命科学学院	8	29	4.0	5.0
6	张彦婷	郑州大学生命科学学院	17	42	4.0	5.0