低盐胁迫下坛紫菜叶状体的转录组分析

• 作者: 丁洪昌 严兴洪 冯畅
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 坛紫菜 低盐胁迫 转录组 荧光定量PCR (qRT-PCR) 差异性表达基因
• 年，卷（期）: 2016,（12）
• 页码范围: 1842-1849
• 分类号: Q786|S968.43
• 语种: 中文
• DOI: 10.11964/jfc.20160410374

摘要

为探索坛紫菜叶状体响应低盐胁迫的分子生理学机制,本研究采用第二代高通量测序技术,分析比较在正常盐度(26,对照组)和低盐度(3,胁迫组)下培养不同时间(3、6和9 h)的坛紫菜叶状体转录组数据.结果显示,测序数据经de novo组装,获得了33 872条unigenes,平均长度为612 bp;与对照组相比,3个胁迫组分别产生了1 108、1638和1881条差异性表达基因.GO功能富集分析显示,一些可能与低盐胁迫相关的重要生物过程得到了显著富集,如单分子有机物代谢过程,单糖的合成代谢和分解过程,糖质新生,有机物分解代谢过程等.KEGG代谢通路富集分析发现,低盐胁迫不同时间富集到的代谢通路存在很大差异,低盐胁迫3h响应的差异性表达基因富集到3个KEGG代谢通路,其中2个与氨基酸合成相关,1个与光合作用相关;而低盐胁迫6和9h的差异性表达基因则大多富集到与糖类功能相关的代谢通路.荧光定量PCR (qRT-PCR)验证结果显示,所选取的8个差异性表达基因的表达趋势与高通量测序结果相一致.上述结果说明,坛紫菜叶状体在受到低盐胁迫时,应激反应具有时间特异性,早期主要通过合成或者降解蛋白质来抵御低盐环境,随着胁迫时间延长,细胞通过改变可溶性物质的含量、减慢能量代谢等途径以抵御低盐逆境.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	严兴洪	上海海洋大学水产与生命学院	48	255	9.0	13.0
5	冯畅	上海海洋大学水产与生命学院	1	8	1.0	1.0
6	丁洪昌	上海海洋大学水产与生命学院	13	28	3.0	4.0