大口黑鲈转录组SNPs筛选及其与生长的关联分析

• 作者: 全迎春 刘浩 刘海涌 李胜杰 白俊杰 马冬梅
• 来源期刊: 水生生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 转录组测序(RNA-Seq) 大口黑鲈 单核苷酸多态(SNPs) 生长性状
• 年，卷（期）: 2016,（6）
• 页码范围: 1128-1134
• 页数: 7页
• 分类号: Q173
• 字数: 5959字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7541/2016.146

摘要

为开发人工饲料代替冰鲜杂鱼养殖大口黑鲈的分子标记,以食用冰鲜鱼和配合饲料的同批大口黑鲈为研究材料,利用RNA-Seq (RNA sequencing)技术挖掘SNPs (Single nucleotide polymorphisms)标记,并以关联分析筛选可用于育种的候选标记。转录组进行测序共获得174 M数据,8681个SNPs位点。挑选其中具有表达差异的50个SNPs位点进行SNaPshot分型,结果39个分型成功,其中有4个为假阳性,通过转录组技术开发出SNPs标记35个,成功率为70.0%。为进一步检验这些标记是否可用于评估驯食饲料的大口黑鲈选育研究,研究以327尾摄食人工配合饲料的大口黑鲈为试验材料, SPSS软件进行一般线性模型分析SNPs的不同基因型与生长性状的相关性,结果显示有2个SNPs位点与体质量、全长和体高等生长性状存在显著相关性(P<0.05),可作为候选标记用于大口黑鲈的分子辅助育种。由于转录组数据直接反应基因的表达情况,从中挖掘与性状相关的优势基因型与分子标记的成功率高,效果较好。同时也为解决大口黑鲈选育研究中标记缺乏提供了有效途径,为选育提供遗传依据、加速育种进程。