东亚特有珍稀蕨类植物岩穴蕨(碗蕨科)高通量转录组测序及分析

• 作者: 严岳鸿 刘莉 张锐 沈慧 舒江平 韦宏金
• 来源期刊: 生物多样性
• 关键词: 蕨类植物 转录组学 高通量测序 生物多样性 适应性
• 年，卷（期）: 2016,（12）
• 所属期刊栏目: 数据论文
• 页码范围: 1325-1334
• 页数: 10页
• 字数: 6735字
• 语种: 中文
• DOI: 10.17520/biods.2016231

摘要

岩穴蕨(Monachosorum maximowiczii)隶属于碗蕨科稀子蕨属,是东亚中高海拔地区所特有的珍稀濒危植物.为了在分子水平对该物种有进一步的认识,本文首次利用二代高通量测序技术(RNA-seq)对岩穴蕨进行了转录组测序分析.通过Illumina Hiseq 2500测序平台,共计获得4.95 Gb原始数据(raw data),经过滤后得到4.83 Gb有效数据(clean reads),并进行从头组装得到了1 01,448条unigene.其中,54,106条unigene预测到完整的开放阅读框.我们利用目前己知的51个植物基因组数据,对岩穴蕨的unigene进行了详尽的功能注释,并通过GO、COG、KEGG注释进一步了解了这些编码基因的作用方式、特征以及所参与的代谢通路.同时,转录因子分析结果也为岩穴蕨的环境适应机制研究提供了初步线索.