上海白猪(上系)遗传多样性和群体结构分析

• 作者: 张哲 潘玉春 王起山 盛中华 肖倩 陈国宏
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 上海白猪(上系) 猪基因组 遗传距离 群体结构
• 年，卷（期）: 2016,（9）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 1293-1301
• 分类号: Q38
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2016.09.002

摘要

上海白猪(上系)(Sus scrofa)是上海市闵行区的地方培育品种,近年来,由于引进品种的冲击,其各项生产指标严重衰退,且对其种质特性、遗传基础和杂交性能等缺乏应有的了解.本研究应用全基因组范围内的遗传标记,对上海白猪(上系)群体进行了遗传多样性和群体结构的分析.首先对反映群体内遗传多样性的3个重要指标-等位基因的丰度(allelic richness,AR)、标记多态性的比例(proportion of polymorphic markers,PN)和期望杂合度(expected heterozygosity,He)进行了分析和计算.结果表明,上海白猪(上系)与太湖和西方猪种对比,其遗传多样性最高(PN=0.731,AR=1.709,He=0.221).上海白猪(上系)与太湖品种之间的遗传分化程度(0.237±0.007)大于其与西方品种之间的遗传分化程度(0.219±0.008).另外,用主成分分析(principal components analysis,PCA)、STRUCTURE和系统进化树等对群体结构进行了分析.结果显示,上海白猪(上系)群体内的遗传多样性比太湖猪种和西方猪种高;群体间遗传距离显示上海白猪(上系)相对于太湖猪种更接近西方猪种;主成分分析、聚类分析与群体结构分析皆显示上海白猪(上系)能够形成独立的分组.以上结果表明,从分子水平上看,将上海白猪(上系)作为一个独立的培育品种是合理的,特别是其具有独特的遗传结构,应进一步加强其保护、开发和利用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈国宏	扬州大学动物科学与技术学院	393	3876	28.0	46.0
2	王起山	上海交通大学农业与生物学院	36	141	7.0	10.0
3	潘玉春	上海交通大学农业与生物学院	84	713	14.0	23.0
4	张哲	上海交通大学农业与生物学院	40	435	12.0	20.0
5	盛中华	扬州大学动物科学与技术学院	10	22	3.0	4.0
7	肖倩	上海交通大学农业与生物学院	6	11	2.0	3.0