刺葡萄 DFR 基因克隆及生物信息学分析

• 作者: 潘红 甘煌灿 范丽华 赖呈纯 黄贤贵
• 来源期刊: 福建农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 刺葡萄 二氢黄酮醇 4-还原酶 DFR 基因 克隆 生物信息学
• 年，卷（期）: 2016,（7）
• 所属期刊栏目: 生命科学
• 页码范围: 683-689
• 页数: 7页
• 分类号: S663.1|Q785
• 字数: 5084字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19303/j.issn.1008-0384.2016.07.003

摘要

根据葡萄 DFR 基因 CDS 序列设计刺葡萄开放阅读框(ORF)特异引物,利用 RT-PCR 技术克隆获得其 DFR 基因序列,并通过生物信息学方法分析其生物学特性。结果表明,刺葡萄 DFR 基因 ORF 序列全长1014 bp,编码337个氨基酸,命名为 Vitis davidii dihydroflavonol 4-reductase gene (VdDFR ),GenBank 登录号为 KF915803。刺葡萄 DFR 蛋白预测分子量为37593.2 Da,理论等电点 pI 为5.81,是一个跨膜亲水蛋白,无典型信号肽,不属于分泌蛋白,并且亚细胞定位主要位于细胞质中(70%)；二级结构以无规则卷曲为主(52.82%),是一种 mixed 类蛋白；该蛋白有潜在的7个糖基化位点和16个磷酸化位点,具有 NAD (P)结合位点,有 NAD 依赖型的表异构酶/脱氢酶的 N 端结构域,属于 NADB _ Rossmann 超家族成员。核苷酸序列分析表明,刺葡萄 DFR 基因与美丽葡萄、山葡萄和酿酒葡萄的同源性为99%,与圆叶葡萄同源性为98%,与显齿蛇葡萄同源性为94%,进化上比较保守,利用 DFR 基因编码区碱基序列所建立的系统关系树与真实的植物进化基本一致。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	范丽华	福建省农业科学院农业工程技术研究所	44	184	8.0	12.0
2	赖呈纯	福建省农业科学院农业工程技术研究所	63	402	11.0	17.0
3	黄贤贵	福建省农业科学院农业工程技术研究所	36	136	8.0	9.0
4	甘煌灿	福建省农业科学院农业工程技术研究所	4	17	2.0	4.0
5	潘红	福建省农业科学院农业工程技术研究所	7	7	2.0	2.0