高通量测序与DGGE在细菌群落分析中的相关性研究

• 作者: 孙然 张莉莉 涂祖新 白亚妮 郑国华
• 来源期刊: 江西科学
• 关键词: 高通量测序 变性梯度凝胶电泳 细菌群落 相关性
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 所属期刊栏目: 生命科学
• 页码范围: 561-570,627
• 页数: 11页
• 分类号: X172
• 语种: 中文
• DOI: 10.13990/j.issn1001-3679.2016.05.001

摘要

在过去的近20年中,DGGE技术是一种细菌群落常规分析方法,为了找出它与当今使用的高通量测序技术之间的相关性,以评价它所积累的大量研究成果的现代价值,并为运用DGGE积累的大量研究成果寻找理论依据.为此对10个样品的总DNA,采用高通量测序和DGGE分别进行细菌群落分析,对两种方法得出的结果进行全面比较分析.结果表明:1)DGGE检出的细菌群落平均丰富度是高通量测序的1/10.56;2)DGGE检出的细菌群落,平均有90.7%出现在高通量测序检出的、丰度≥50的优势群落中,该优势群落平均只占其总群落数的9.9%,但其丰度却占了其总丰度的91.7%,而且其丰富度平均是DGGE检出的1.03倍;3)DGGE得出的shannon指数H′比高通量测序得出的平均低15%,得出的Simpson指数D(D=1-∑P2i)中的变量∑P2i比高通量测序得出的平均低43%.由此得出的结论:相对高通量测序而言,DGGE只分析了约占总群落数9.9%的优势群落,是一种不完整的细菌群落分析,但是它又分析了总细菌量的91.7%,所以还是具有较强的代表性.DGGE的Alpha多样性指数若要与高通量测序的进行比较,可将它的H′做15%的调高修正、∑P2i作43%的调低修正,这样它积累的大量研究成果可能还具有一定的参考价值.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郑国华	江西省科学院微生物研究所	14	71	5.0	8.0
5	涂祖新	江西省科学院微生物研究所	12	36	3.0	5.0
9	张莉莉	江西省科学院微生物研究所	6	15	2.0	3.0
10	白亚妮	江西省科学院微生物研究所	2	7	1.0	2.0
11	孙然	江西省科学院微生物研究所	2	7	1.0	2.0