以川陕哲罗鲑为目标物种的水样环境DNA分析流程的优化

• 作者: 姜维 孔飞 张红星 王启军 赵虎 邓捷
• 来源期刊: 应用生态学报
• 关键词: 川陕哲罗鲑 环境DNA分析 方案优化
• 年，卷（期）: 2016,（7）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 2372-2378
• 语种: 中文
• DOI: 10.13287/j.1001-9332.201607.017

摘要

水样环境DNA分析包括水样采集、DNA提取和分析等流程,已成为监测濒危水生生物种群分布调查的重要手段.为减少在监测目标物种尤其濒危物种中的不确定性,对水环境DNA分析流程的优化至关重要.本研究以川陕哲罗鲑为目标物种,采用滤膜法采集养殖池中的水样,设计了250 mL、500 mL、1L和2L等4种水样采集量,分别采用PoweWater DNA Isolation kit和DNeasy Tissue and Blood DNA extraction kit提取水样环境DNA(eDNA),使用物种mtDNA D_loop区特异性引物进行PCR扩增,通过研究滤膜法、水样采集量和水样DNA提取方法对水样eDNA中目标基因检出率的影响,探索适宜的eDNA分析操作方案.结果表明:使用DNeasy Tissue and Blood DNA extraction kit提取的水样DNA中目的基因的检出率为100％,效果明显优于PoweWater DNA Isolation kit(目标基因的检出率为0);目标基因扩增条带的亮度随水样采样量的增加而增加,其中2L水样目标基因的扩增效果较理想;序列比对结果显示,本试验从水样DNA中成功扩增得到了川陕哲罗鲑mtDNA Dloop区部分序列.表明DNA提取方法和水样采集量对目标物种的检出率有显著的影响,滤膜法、2L水样采集量、DNeasy Tissue and Blood DNA extraction kit更适宜进行水样的DNA分析,mtDNA D-loop区可作为川陕哲罗鲑识别的特异性分子标记.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张红星	陕西省动物研究所陕西省秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室	70	187	8.0	11.0
2	赵虎	陕西省动物研究所陕西省秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室	47	109	7.0	8.0
3	王启军	陕西省动物研究所陕西省秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室	50	104	6.0	8.0
4	孔飞	陕西省动物研究所陕西省秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室	25	47	3.0	6.0
5	邓捷	陕西省动物研究所陕西省秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室	22	30	3.0	5.0
6	姜维	陕西省动物研究所陕西省秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室	22	36	4.0	6.0