绵羊TrkA基因的表达及其SNPs与产羔性状的关联性分析

• 作者: 乐祥鹏 孙武 张军霞 张娜娜 王志兰 王维民 胡瑞雪 谢云龙 邓颖
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 酪氨酸蛋白激酶受体基因(TrkA) SNPs 产羔数 基因表达 绵羊
• 年，卷（期）: 2016,（8）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 1156-1164
• 分类号: S811
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2016.08.006

摘要

为研究绵羊(Ovis aries)酪氨酸蛋白激酶受体(tyrosine kinaseA,TrkA)基因组织表达特征及其SNPs与产羔性状的关联性,本研究以TrkA基因为研究对象,利用qRT-PCR分析其在湖羊心、肝、脾、肺、肾、瘤胃、十二指肠、背最长肌、脂肪、下丘脑、垂体和卵巢等12种组织中的表达水平,同时采用DNA混合池测序和限制性长度片段多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)等技术检测TrkA基因在963只有产羔记录湖羊(n=526)和小尾寒羊(n=437)群体中的多态性,及其与产羔性状的关联性.结果表明,TrkA基因在卵巢、肺和肝脏中的表达水平最高,在心脏中次之,在背最长肌、瘤胃、脂肪、下丘脑、垂体、脾、肾和十二指肠间表达量较低.通过DNA池测序和RFLP分析,在TrkA基因的内含子9和14分别检测到NC_019458.2:g.105281586C＞T和NC_019458.2:g.105284246G＞C两个突变.在NC_019458.2:g.105281586C＞T位点,小尾寒羊和湖羊群体中均检测到3种基因型,分别为CC、CT和TT型,其中CT为优势基因型,C为优势等位基因;在该位点,湖羊群体遗传杂合度(heterozygosity,He)和遗传纯合度(homozygosity,Ho)均为0.50,有效等位基因数(effective allele numbers,Ne)为1.99;小尾寒羊He=0.51,Ho=0.49,Ne=1.95;多态信息含量(polymorphic information content,PIC)均为0.37,且在小尾寒羊群体中偏离了Hardy-Weinberg平衡状态.在NC_019458.2:g.105284246G＞C位点上同样检测到GG、GC和CC三种基因型,其中GC为优势基因型,C为优势等位基因;该位点在湖羊群体He和Ho均为0.50,Ne=2.00;小尾寒羊He=0.49,Ho=0.51,Ne=l.96.PIC均为0.37;x2适合性检验结果表明,湖羊群体在该位点显著偏离于Hardy-Weinberg平衡状态.多态位点与绵羊产羔数的关联性分析表明,NC_019458.2:g.105281586C＞T与湖羊和小尾寒羊的产羔数显著相关(P＜0.05),而NC_019458.2:g.105284246G＞C突变位点仅与湖羊的产羔性能显著相关(P＜0.05).本研究结果表明,TrkA基因可作为绵羊产羔性状早期筛选的候选基因,其SNPs可为绵羊繁殖性状分子标记辅助选择提供依据.