枸杞基因组微卫星特征分析

• 作者: 党少飞 张得芳 樊光辉 王占林
• 来源期刊: 西北林学院学报
• 关键词: 枸杞 基因组 HiSeq2500 微卫星 RAD标记
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 所属期刊栏目: 林木遗传与培育
• 页码范围: 97-102
• 页数: 6页
• 分类号: S567.19
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-7461.2016.01.18

摘要

利用Illumina HiSeq2500高通量测序技术对枸杞大麻叶品种进行简化基因组测序,对得到的序列利用生物信息学手段进行拼接后查找SSR.结果表明:共获得14 733个重复单元长度为2～6碱基的微卫星重复序列.其中3碱基重复的微卫星单元最为丰富,共9 799个,占66.5％;其次是2碱基重复类型(4 042个)和4碱基重复类型(519个),分别占重复序列总数的27.4％和3.5％;另外5碱基重复281个,6碱基重复92个,分别占重复序列总数的1.9％和0.6％.通过分析发现3碱基重复类型丰度最高,优势序列为GTT/CAA、ACA、ATC;而6碱基重复丰度最低,其优势序列为TGTGTA、CATATA、AGCACC;在枸杞基因组微卫星序列中,A和T碱基含量相对较丰富.分析还发现,当枸杞基因组重复次数增加时,微卫星的丰度呈现出下降的趋势,随着基序长度的增加,下降的趋势越快,这意味着枸杞基因组中重复单元较短的微卫星变异速率比重复单元较长的微卫星变异速率快.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	党少飞		2	9	1.0	2.0
2	王占林		18	60	4.0	7.0
3	樊光辉		12	42	3.0	6.0
4	张得芳		11	28	3.0	4.0