小鼠蛛网膜下腔出血后大脑皮层长链非编码RNA及mRNA的表达谱研究

• 作者: 吴越 庞金伟 彭建华 曹芳 田晓翠 秦兴虎 郐莉 陈义天 陈礼刚
• 来源期刊: 中华神经医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 蛛网膜下腔出血 早期脑损伤 长链非编码RNA 炎症 二代测序
• 年，卷（期）: 2016,（11）
• 所属期刊栏目: 蛛网膜下腔出血
• 页码范围: 1111-1117
• 页数: 7页
• 分类号: R743.35
• 字数: 3604字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.1671-8925.2016.11.006

摘要

目的 探讨小鼠蛛网膜下腔出血(SAH)后早期大脑皮层长链非编码RNA(lncRNAs)及mRNAs的差异表达情况,寻求调控SAH后早期脑损伤(EBI)的新机制. 方法 6只C57BL/6J雄性基因野生型小鼠按随机数字表法分为假手术组及SAH组(n=3),后者采用颈动脉内穿刺法构建SAH模型.造模后24h断头取脑,提取皮层总RNA.经质量检测合格后,行PCR扩增建立cRNA文库,采用Illurnina HiSeqTM 2500测序.运用软件Tophat2将转录本比对至小鼠基因组,运用RPKM法分别计算lncRNAs及mRNAs的表达量.通过数据库KEGG、GO富集对有差异表达的mRNAs进行通路分析,得到mRNAs参与的生物学途径.运用实时定量荧光PCR(qRT-PCR)技术对部分有差异表达的lncRNAs (fantom3_C730003K 16、fantom3_I830129C17、fantom3_A430024L20、fantom3_C330006P03)进行验证. 结果 成功得到假手术组及SAH组小鼠大脑皮层lncRNAs及mRNAs的表达谱.3对样本中均有差异表达的lncRNAs共617种,其中103种上调、514种下调.3对样本中均有差异表达的mRNAs共444种,其中387种上调、54种下调.GO富集及KEGG通路分析提示,有差异表达的mRNAs涉及到包括炎症在内的多种生物学途径.随机选取的4条lncRNAs的变化趋势(fantom3_C730003K16、fantom3 1830129C17表达上调,fantom3 A430024L20、fantom3_C330006P03表达下调)经qRT-PCR技术得到验证. 结论 小鼠SAH后大脑皮层lncRNAs较正常脑组织存在明显差异,lncRNAs也许可以成为SAH后EBI病情及预后的判断标志以及潜在的治疗靶点.