猪传染性胃肠炎病毒分离株JS2012全基因组序列分析

• 作者: 何孔旺 周萍 李彬 温立斌 范宝超 茅爱华 郭容利
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 猪传染性胃肠炎病毒(TGEV) 全基因组 序列分析
• 年，卷（期）: 2016,（6）
• 所属期刊栏目: 畜牧兽医?水产养殖
• 页码范围: 1351-1358
• 页数: 8页
• 分类号: S858.285.3|S852.659.6
• 字数: 5503字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2016.06.024

摘要

设计32对PCR引物分片段扩增猪传染性胃肠炎病毒( TGEV)江苏分离株JS2012全基因组,扩增产物克隆到pMD19-T载体并测序。用DNAstar软件将JS2012全基因组序列与GenBank中其他13株TGEV株和猪呼吸道冠状病毒(PRCV-ISU-1)序列进行比对以及同源性分析,并绘制基因进化树。 JS2012基因组序列全长28542 bp,不包括polyA。基因组的排列为TGEV典型的基因排列序：5'-ORF1a-ORF1b-S-3a-3b-E-M-N-7-3'。 TGEV JS2012株的ORF3基因和Miller组病毒一样有2个大片段的缺失。 JS2012的S基因和Miller M6以及Virulent Purdue 2个强毒株有同样的序列特征。除Virulent Purdue外,其余Purdue株在1123~1128 bp处均有6 bp的缺失,JS2012与所有Miller株及Virulent Purdue一样,此处没有缺失。 JS2012与其他TGEV毒株之间的碱基序列同源性为98.6%~99.9%,与Miller M6的碱基序列同源性最高,亲缘关系最近,同属于Miller组,与Purdue组相对较远。