天山雪莲水孔蛋白基因（AQP）家族鉴定与生物信息学分析

• 作者: 夏雯雯 李锦 祝建波
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 天山雪莲 拟南芥 水孔蛋白基因家族 生物信息学
• 年，卷（期）: 2016,（6）
• 所属期刊栏目: 遗传育种?生理生化
• 页码范围: 1244-1250
• 页数: 7页
• 分类号: Q811.4
• 字数: 3765字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2016.06.008

摘要

为研究新疆天山雪莲水孔蛋白基因( AQP)家族并对其基因家族成员进行鉴定及分类,从雪莲转录组数据库中获得了33条天山雪莲水孔蛋白基因序列,利用生物信息学软件,将其与拟南芥中38条水孔蛋白基因序列进行分析、分类和保守序列分析,结果显示天山雪莲33条AQP基因家族序列与拟南芥38条AQP基因序列一样分成4个亚族,即质膜水孔蛋白( Plasma membrane intrinsic protein,PIP)基因、液泡膜内在水孔蛋白( Tonoplast intrin-sic protein, TIP)基因、类Nodulin(NOD26)膜内在水孔蛋白(NOD26-like membrane intrinsic protein, NIP)基因和膜内小基本蛋白( Small and basic membrane intrinsic protein, SIP)基因。拟南芥与天山雪莲AQP基因间具有较高的保守性。对天山雪莲AQP基因家族进行了系统进化树构建,并分析了水孔蛋白氨基酸组成成分、理化性质,预测了二级结构,发现水孔蛋白不同亚族间氨基酸数目、氨基酸序列间的亲水性存在一定差异,水孔蛋白的二级结构以α螺旋、β折叠、无规则卷曲为主。从这33条AQP基因序列中克隆了3个水孔蛋白基因,测序结果证明天山雪莲转录组数据库基因序列准确率较高。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	祝建波	石河子大学生命科学学院	90	501	11.0	15.0
2	李锦	石河子大学生命科学学院	4	5	2.0	2.0
3	夏雯雯	石河子大学生命科学学院	1	2	1.0	1.0