雷蒙德氏棉扩展蛋白基因家族的鉴定和特征分析

• 作者: 海江波 程雪妮 贺道华 赵俊兴 邢宏宜 雷忠萍
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 雷蒙德氏棉 扩展蛋白 基因结构 系统发育分析 进化分析 表达模式
• 年，卷（期）: 2016,（6）
• 页码范围: 44-55
• 页数: 12页
• 分类号: Q78
• 字数: 9660字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.2016.06.008

摘要

扩展蛋白具有松驰细胞壁和增加细胞壁柔韧性的功能.为了弄清该基因家族在雷蒙德氏棉中的特征,利用隐马尔科夫模型(HMM)在雷蒙德氏棉基因组中进行扩展蛋白家族基因成员的鉴定,获得了39个扩展蛋白基因家族成员,分布在12条染色体上.系统发育分析将其归入EXPA、EXPB、EXM和EXLB共4个亚家族,分别含有26,4,3,6个基因.各亚家族中扩展蛋白基因具有相对多样化的基因结构;扩展蛋白基因家族在进化中经历了3次扩张;染色体片段重复是该基因家族扩张的主要方式;扩张后纯化选择占主导地位.比较棉纤维发育不同时期及叶片、花瓣的深度测序和基因芯片表达谱,发现大部分扩展蛋白基因参与了雷蒙德氏棉纤维、叶片和花瓣的生长发育,在不同的时空范围均表现出表达多样性.GrEXLA1、GrEXLA2和GrEXPA16在花瓣中优势表达,GrEXPA23和GrEXPA24在叶片中表达水平较高,推测这些基因的表达分别参与了花瓣和叶片的发育进程;其余的基因,在纤维的不同发育阶段,表现出不同的表达丰度.研究结果有助于了解棉属扩展蛋白基因家族的特征及功能,为深入剖析棉纤维发育过程中的分子调控机理提供了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵俊兴	西北农林科技大学农学院	18	180	7.0	13.0
2	贺道华	西北农林科技大学农学院	21	151	5.0	12.0
3	邢宏宜	西北农林科技大学农学院	27	194	7.0	13.0
4	程雪妮	西北农林科技大学生命科学学院	20	135	6.0	11.0
5	海江波	西北农林科技大学农学院	50	463	10.0	21.0
6	雷忠萍	西北农林科技大学农学院	13	158	6.0	12.0