[目的]明确新疆南疆核桃腐烂病菌种类.[方法]从南疆3个地方采集核桃腐烂病样10份,采用组织分离法分离获得10个分离物,根据科赫氏法则进行致病性测定,结合形态学观察和18 S rDNA-ITS、β-tubulin两个基因序列分析.[结果]经形态学特征鉴定,菌落形态、分生孢子器、分生孢子与已报道的金黄壳囊孢Cytospora chrysosperma一致;从18 S rDNA-ITS、β-tubulin两个基因序列分析可以得出,18 S rDNA-ITS序列分析结果与C.chrysosperma(登录号:KP114125.1)相似性为99%,β-tubulin序列分析结果与C.chrysosperma(登录号:KP117038.1)相似性达到98%.[结论]新疆南疆核桃树腐烂病菌为金黄壳囊孢C.chrysosperma.