海带转录组SSR序列特征及其相关基因功能分析

• 作者: 姚建亭 张杰 李秋莹 段德麟 王秀良
• 来源期刊: 海洋科学
• 学科: 农学
• 关键词: 微卫星 转录组 简单序列重复(SSR) 海带(Saccharina japonica)
• 年，卷（期）: 2016,（11）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1-6
• 页数: 6页
• 分类号: S917.3
• 字数: 3889字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11759/hykx20150206001

摘要

对海带(Saccharina japonica)转录组测序数据进行分析,从70497条Unigenes中共检测到9237个简单序列重复(SSR)位点,并对包含SSR序列的Unigenes进行功能注释。海带转录组中SSR的类型十分丰富,其中单核苷酸和三核苷酸重复 SSR 的数量最多,分别占 SSR 总数的40.9%和39.4%,其次为四核苷酸、二核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复,分别占SSR总数的9.8%,6.1%,3.1%和0.7%。SSR重复单元类型共有147种,其重复次数的范围为5~70次。功能注释发现约50%含有SSR的 Unigenes获得了注释信息,并且大多数与已知蛋白有同源性。COG、GO 功能分类结果均表明,大量含有 SSR序列的基因与多种生物功能有关,其中与碳水化合物代谢及参与细胞组成相关的基因数量最多。本研究结果为深入开发功能性SSR标记奠定基础,也为开展海带分子标记辅助选育提供支持。