基于中国樱桃转录组的SSR分子标记开发与鉴定

• 作者: 宗宇 朱友银 李永强 王月 邵妁 郭卫东
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 中国樱桃 转录组 SSR 种质资源 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2016,（8）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1566-1576
• 分类号: S662.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0005

摘要

对中国樱桃(Prunus pseudocerasus Lindl.)休眠芽转录组数据进行了SSR位点搜索和分析,发现了7 197个SSR位点,总的发生频率为15.62％.SSR重复类型以二核苷酸发生频率最高(58.65％),三核苷酸次之(34.72％).利用8对多态性引物在24份樱桃种质中进行了引物有效性验证和遗传多样性分析,结果表明有效等位基因数最大值为2.92 (PpSSR2),最小值为1.09 (PpSSR8),平均值为1.73;香农多样性指数变化范围是0.202 ～ 1.290,平均值为0.755.观察杂合度和期望杂合度的变化范围分别是0.083 ～ 0.917和0.082 ～ 0.671;平均值分别为0.391和0.384.香农多样性指数、观察杂合度和期望杂合度3个多样性指数最大值均出现在位点PpSSR2,最小值出现在位点PpSSR8.基于SSR标记的24份樱桃种质的聚类结果与经典的形态学分类不完全一致,但聚类结果清晰地划分出5个不同组别,说明浙江省的中国樱桃种质资源遗传多样性丰富.两个龙泉地方品种与其他的浙江樱桃种质资源明显不同,它们与山樱和浙闽樱有着更紧密的遗传关系,该地方品种可以作为樱桃新品种选育的优良材料,有利于拓宽现有樱桃栽培品种的遗传背景.