梨Ty1-copia类反转录转座子GAG开放阅读框预测和光响应下的表达分析

• 作者: 孙永旺 滕元文 蒋爽 蔡丹英 骆军
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 梨 Ty1-copia GAG 表达分析
• 年，卷（期）: 2016,（8）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1577-1584
• 分类号: S661.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0078

摘要

基于生物信息学方法,对‘砀山酥梨’基因组中Ty1-copia类型的GAG开放阅读框进行预测,共获得315条GAG序列.通过系统聚类,梨基因组中GAG序列可分为7个支系,第一和第三支系成员较多且保守性高.序列比对结果显示,不同支系GAG序列具有较高的异质性.在‘美人酥’梨的套袋和摘袋后的果皮中发现了34个gag成员,其中有6个(Ppgag16、Ppgag19、Ppgag23、Ppgag27、Ppgag29和Ppgag30)为高丰度表达成员.遮光条件下,‘美人酥’果皮中有部分gag成员发生表达,说明copia类反转座子不仅仅受光照影响发生表达.在摘袋后,‘美人酥’果皮中有2个成员(Ppgag5和Ppgag23)发生明显上调表达,说明梨中部分反转录转座子的转录受到光照的调控.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	骆军	上海市农业科学院林木果树研究所	49	487	12.0	21.0
2	蔡丹英	浙江省农业科学院园艺研究所	4	6	1.0	2.0