印度南瓜转录组SSR信息分析及其多态性研究

• 作者: 单文琪 屈淑平 崔崇士 徐文龙 王洋洋
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 印度南瓜 转录组 SSR 多态性 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 578-586
• 分类号: S642.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2015-0932

摘要

对印度南瓜(Cucurbita maxima)开展转录组测序分析,共获得131960条unigene (90.80Mb),筛选得到12557个SSR位点(占总unigene的9.52％),其发生频率为1/7.4kb;其中SSR位点中主导类型为二核苷酸重复,占总SSR的49.82％;其次是三核苷酸重复,其出现频率为45.31％.通过Primer5设计得到7290对SSR引物,随机选择20对SSR引物对30种不同来源的南瓜进行多态性验证分析,结果显示在14对可扩增产物的SSR引物中,11对引物表现稳定可重复的多态性,UPGMA多态性分析显示11对引物可将30份南瓜材料分为5类.研究表明通过对南瓜转录组分析可获得较高频率的SSR位点且类型丰富,为印度南瓜遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了候选标记.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	屈淑平	东北农业大学园艺学院	48	516	13.0	20.0
2	徐文龙	东北农业大学园艺学院	16	91	6.0	9.0
3	崔崇士	东北农业大学园艺学院	119	1485	21.0	30.0
4	王洋洋	东北农业大学园艺学院	4	38	2.0	4.0
5	单文琪	东北农业大学园艺学院	1	30	1.0	1.0