菜薹转录组中SSR信息与可用性分析

• 作者: Kadambot Siddique 夏岩石 张华 李荣华 王直亮 郭培国 陈静芳
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 菜薹 转录组 SSR 可用性分析
• 年，卷（期）: 2016,（9）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1816-1824
• 分类号: S634.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0298

摘要

利用菜薹转录组分析检测到48 975条unigene (38.17 Mb)序列数据,运用MIcroSAtellite(MISA)工具发现其中具有1～6个核苷酸重复类型的SSR位点11 879个,SSR位点发生频率为1/3.2 kb(312.5/Mb).6种SSR位点类型中主要为1～3个核苷酸重复,占总SSR位点数的99.01％,其中单、二和三核苷酸类型分别为41.11％、28.23％和29.67％.发现重复序列的基序58个,重复次数在5～ 23之间,其中出现频率高的基序主要有A/T、AG/CT、AT/AT、AC/GT、AAG/CTT和AGG/CCT.重复序列长度在10 ～ 60 bp之间,大多小于20 bp,大于20 bp的仅有7.9％(938个SSR位点).设计出676对具有潜在多态性的SSR引物组合,从中随机抽取30对引物进行PCR扩增验证其可用性,发现22对引物在4份菜薹种质中的扩增产物条带清晰稳定,其中12对引物具有多态性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张华		63	336	11.0	15.0
2	郭培国	广州大学生命科学学院作物抗逆国际合作研究中心	46	479	12.0	20.0
3	李荣华	广州大学生命科学学院作物抗逆国际合作研究中心	39	412	10.0	19.0
4	王直亮	广州大学生命科学学院作物抗逆国际合作研究中心	4	34	3.0	4.0
5	夏岩石	广州大学生命科学学院作物抗逆国际合作研究中心	20	134	7.0	11.0
6	陈静芳	广州大学生命科学学院作物抗逆国际合作研究中心	2	22	2.0	2.0