不依赖于剪接位点信号的高精度转录组序列比对算法

• 作者: 张勇 徐云
• 来源期刊: 计算机系统应用
• 关键词: 选择性剪接 高通量转录组测序 滑动窗口 剪接位点
• 年，卷（期）: 2016,（12）
• 所属期刊栏目: 软件技术·算法
• 页码范围: 138-142
• 页数: 5页
• 字数: 3920字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15888/j.cnki.csa.005443

摘要

高通量转录组测序技术已经发展成为分析不同细胞中选择性剪接事件的最有效方法,其测序数据处理的第一步是将数以百万的测序片段准确地比对到参考序列上,称之为转录组序列比对.现有的比对工具基本上都是依赖于经典的剪接位点信号,一定程度上限制了转录组测序技术发现全新剪接位点的能力.为此,我们设计了一种不依赖于剪接位点信号的转录组序列比对方法RNAMap,该方法按照重叠种子方式划分测序片段,使用带有左右锚点的窗口扫描参考序列,找出种子中含有的剪接位点.计算实验表明,RNAMap精确度高达95％,召回率也明显优于其他算法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐云	中国科学技术大学计算机科学与技术学院	79	411	13.0	16.0
3	张勇	中国科学技术大学计算机科学与技术学院	140	1936	22.0	41.0