头颈部鳞癌中TP53基因的调控网络分析

• 作者: 孙娟 崔晓波 徐明义 李玲香 王亚平 胡文良 郑艳秋
• 来源期刊: 局解手术学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 喉鳞状细胞癌 TP53 长链非编码RNA 竞争性内源性RNA
• 年，卷（期）: 2016,（12）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 863-866,867
• 页数: 5页
• 分类号: R739.65
• 字数: 2765字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11659/jjssx.08E016052

摘要

目的：挖掘隐藏在头颈部鳞癌中抑癌基因TP53表达异常的机制。方法从TCGA数据库中选取279例头颈部鳞癌样本的测序数据，利用cbioportal获得TP53基因在头颈部鳞癌中的表达情况及其对患者生存的影响，并筛选样本中与TP53存在共表达关系的基因。利用String和DAVID数据库，建立TP53的共表达网络并分析网络功能，通过lncRNA2target和StarBase数据库，筛选出能够调控TP53的短链非编码RNA（microRNA），长链非编码RNA（lncRNA）和竞争性内源性RNA（ceRNA），利用Cyto-scape软件建立TP53相关基因调控网络。结果279例头颈部鳞癌样本中共有77％的样本出现TP53表达异常，且TP53表达异常患者的生存率显著低于TP53正常表达的患者。此外，筛选出TP53基因的共表达基因288个，（Spearman分数和Pearson分数＞0．3）功能分析结果显示共表达基因的功能主要为转录调控、细胞凋亡、增殖过程和免疫应答等功能。TP53基因调控网络揭示has-miR-186-5p和has-miR-202-3p等43个microRNA能够靶向调控TP53基因；此外，MEG1、TUG1和MALAT1等6个lncRNA，PHC2、FZD4和TUB等56个mRNA能够通过ceRNA作用调控TP53。结论通过生物信息学方法和基因数据库建立的TP53相关基因调控网络揭示可能调控抑癌基因TP53的若干microRNA、lncRNA和ceRNA，可以为头颈部鳞癌中TP53的作用机制和以TP53为靶点的分子治疗提供新的切入点。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	崔晓波	内蒙古医科大学附属医院耳鼻咽喉科	50	85	5.0	7.0
2	郑艳秋	内蒙古医科大学附属医院耳鼻咽喉科	19	56	4.0	7.0
3	王亚平	内蒙古医科大学附属医院耳鼻咽喉科	14	63	4.0	7.0
4	孙娟	内蒙古医科大学附属医院耳鼻咽喉科	20	29	4.0	4.0
5	胡文良	内蒙古医科大学附属医院耳鼻咽喉科	18	62	4.0	7.0
6	徐明义	内蒙古医科大学附属医院耳鼻咽喉科	11	24	3.0	4.0