高羊茅EST-SSR标记开发及遗传多样性分析

• 作者: 于鸿翔 李家丽 王秀华 石香雪 赵岩 高雪
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 高羊茅 EST-SSR 通用性 标记开发 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2016,（12）
• 所属期刊栏目: 观赏植物
• 页码范围: 2401-2411
• 分类号: S688.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0100

摘要

采用从其他作物转移与利用自身EST序列设计两种方法为高羊茅(Festuca arundinacea L.)开发EST-SSR分子标记,并利用所开发标记对高羊茅品种(系)进行遗传多样性分析.利用来自小麦、大麦、玉米、高粱和水稻的732对EST-SSR在高羊茅上进行通用性分析,得到406个有效的扩增引物对(55.46％).利用高羊茅EST数据库(GenBank/dbEST)中63 853条EST序列进行微卫星序列的查找,共发现包含微卫星的EST序列420条,占整个EST总数的0.658％.其中三核苷酸基序出现频率最高(43.33％),次之为二核苷酸基序(33.57％).二核苷酸基序以CT/GA出现频率最高(16.90％),三核苷酸基序以CAG/GTC出现的频率最高(10.63％).进一步运用Primer 5.0软件设计了108个引物对,并交上海桑尼公司合成.PCR检测表明,92个引物对(85.19％)在高羊茅中均可以扩增出稳定清晰的带型.从498对(其中5种作物的406对,高羊茅的92对)有效扩增的EST-SSR引物中随机选取81对引物,对12个高羊茅品种(系)进行扩增.79个引物对显示出多态性(97.53％).共检测到133个等位变异,平均每对引物有1.68个等位变异;多态性信息含量(PIC)值最高为0.66,最低为0.14,平均为0.48.聚类分析结果表明,12份材料在相似系数为0.61处可分为5大类:第Ⅰ类为‘爆发力’和‘法思’;第Ⅱ类为‘强劲,、‘家园,和‘翠碧A’;第Ⅲ类为‘可其思3号’和‘凌志’;第Ⅳ类为‘雅典娜2号’、‘美洲虎3号’、‘火凤凰’和‘TF160’;‘球道’单独为第V类.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李家丽	土肥资源高效利用国家工程实验室山东农业大学资源与环境学院	1	7	1.0	1.0
2	高雪	土肥资源高效利用国家工程实验室山东农业大学资源与环境学院	1	7	1.0	1.0
3	王秀华	土肥资源高效利用国家工程实验室山东农业大学资源与环境学院	1	7	1.0	1.0
4	石香雪	土肥资源高效利用国家工程实验室山东农业大学资源与环境学院	1	7	1.0	1.0
5	于鸿翔	土肥资源高效利用国家工程实验室山东农业大学资源与环境学院	1	7	1.0	1.0