解析红曲黄酒酿造体系真菌多样性的PCR-DGGE引物筛选方法

• 作者: 倪莉 刘志彬 吕晓丹 陈智超 陈芳 黄志清
• 来源期刊: 中国食品学报
• 关键词: 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳 引物 菌群多样性 红曲黄酒酿造体系
• 年，卷（期）: 2016,（7）
• 所属期刊栏目: 食品安全与检测
• 页码范围: 231-238
• 语种: 中文
• DOI: 10.16429/j.1009-7848.2016.07.031

摘要

在红曲黄酒酿造真菌菌群DGGE解析过程中,引物的选取十分关键.本文建立了一种适合于黄酒酿造体系中真菌菌群多样性解析的PCR-DGGE引物筛选方法.该方法从红曲黄酒酿造真菌菌群的序列特性出发筛选引物,筛选指标包括引物对的匹配情况及其扩增片段的区分度、平均差异度、平均长度和平均GC含量等序列特性,通过综合比较各引物对之间指标的优劣来确定最适引物对.分别利用新构建的PCR-DGGE引物筛选方法和DGGE多样性分析对3对常用的真菌引物进行评估.结果表明,两种方法均显示NS1/GCFung引物扩增效果好,区分度最高,最适合于红曲黄酒酿造体系真菌菌群多样性解析.采用本方法选取的引物具有很强的针对性,可以省去繁琐的多引物筛选或联用的试验操作工作.本方法还可为其它酿造体系或微生物体系的微生态研究提供借鉴.