可可泛素结合酶基因家族的生物信息学初步分析

• 作者: 决登伟 董晨 贾利强 赵秋芳 陈宏良
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 可可 泛素结合酶(E2s) 基因家族 生物信息学
• 年，卷（期）: 2016,（9）
• 所属期刊栏目: 生物技术与组织培养
• 页码范围: 1732-1740
• 页数: 9页
• 分类号: S571.3
• 字数: 5269字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2016.09.013

摘要

泛素结合酶(E2s)促进底物泛素化或者与E3s链接,是靶蛋白泛素化的关键酶,在泛素-蛋白酶体途径中起重要作用.利用可可(Thcobroma cacao L.)全基因组测序数据,共鉴定出45个E2s基因家族成员,包括39个UBC和6个UEV基因.通过生物信息学方法,对可可E2s家族的基本理化性质、基因结构、二级结构预测、亚细胞定位、进化关系等方面进行初步分析.结果表明:可可E2s基因CDS长度在441(Tc UEV3)～3 651 bp(Tc UBC7)之间,对应的编码蛋白氨基酸数目在146(TcUEV3)～1 216 aa(TcUBC7)之间,编码蛋白分子量在16.39～134.71 ku之间.E2s基因外显子在1～11之间,多数基因外显子数目在5～7之间.E2s基因在10条染色体上均有分布,1号染色体为7个,数量最多;6号染色体2个基因,数量最少.可可E2s蛋白大多为不稳定蛋白,且均为亲水性蛋白,其二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主要构成元件.大多数可可E2s蛋白定位在细胞核,少数定位在内质网或者细胞质.进化树分析表明:可可E2s蛋白被分为20个亚家族,包括16个UBC亚家族和4个UEV亚家族,第Ⅵ亚家族E2s数目最多为9个;E2s家族蛋白在物种进化过程中具有高度保守性.