利用MISA工具对不同类型序列进行SSR标记位点挖掘的探讨

• 作者: 王希 赵春雷 陈丽
• 来源期刊: 中国农学通报
• 学科: 农学
• 关键词: 分子标记 MISA 简单序列重复(SSR) 标记位点挖掘
• 年，卷（期）: 2016,（10）
• 所属期刊栏目: 生物科学
• 页码范围: 150-156
• 分类号: S188
• 语种: 中文

摘要

为扩大MISA工具(MIcroSAtellite identification tool)的适用范围,本研究尝试用MISA对其他类型的序列进行分析,探讨关键参数对分析结果的影响.研究收集了5种类型的甜菜序列数据,探讨了不同类型序列适用的相关分析参数,以及不同参数对分析结果的影响.利用MISA工具分析了5种类型的甜菜序列,其中4种来自公共数据库,1种来自课题组前期工作.结果表明在适当的参数下,配合适当的序列库格式化处理,MISA可以应用于不同的甜菜序列类型.可分析的序列库长度上限取决于去冗余工具的要求,并影响去冗余处理的时间和结果,重复单元长度的限定参数影响位点挖掘数量和引物设计成功率,序列长度的分布范围不影响分析.应用参数调整后的脚本,从5种甜菜序列库中共挖掘出了SSR标记位点约8000个.可知MISA的应用范围可以扩展,需要调整的关键参数包括2项:序列库的长度上限与重复单元长度.建议序列长度在程序与硬件允许的情况下尽量长,重复单元长度根据研究目标调整.