基于DNA条形码的芦荟属6种植物的分子鉴定

• 作者: 吴文如 杨锦芬 詹若挺 韩洁 马新业 黄琼林
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 芦荟属 DNA条形码 分子鉴别 ITS2 psbA-trnH rbcL matK
• 年，卷（期）: 2016,（11）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 1950-1955
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2016.11.023

摘要

目的 筛选出适合芦荟属6种植物的DNA条形码序列.方法 采用试剂盒法提取芦荟属6个品种基原植物的18份样本基因组DNA,应用通用引物扩增其核基因ITS2序列和叶绿体psbA-trnH、rbcL、matK基因序列并进行双向测序,采用Sequencher 4.1.4软件对测序峰图进行校对拼接,应用MEGA 5.0软件分析不同候选序列的特征,计算物种的种内、种间Kimura 2-Parameter (K2P)遗传距离,比较其种内、种间变异的大小,评估序列的条形码间距(barcoding gap),采用邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统聚类树.结果 共获得72条序列,ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK基因序列各18条,测序成功率均为100％.比对后序列长度为255～723 bp,GC量范围为30.6％～68.2％.psbA-trnH基因序列的最大种内遗传距离均小于最小种间遗传距离,有明显的barcoding gap,ITS2、rbcL、matK序列的种内变异和种间变异有一些重叠,没有明显的barcoding gap.基于psbA-trnH序列的发育树能将芦荟属6个品种完全区分,而其他3个序列在区分这些芦荟属品种时存在模糊鉴定.结论 DNA条形码技术可以准确鉴别芦荟属植物,psbA-trnH序列可以作为鉴别芦荟属植物的优选序列.