Blogel-SPINAL:分布式PPI网络比对算法

• 作者: 周文剑 靳婷
• 来源期刊: 计算机工程
• 学科: 工学
• 关键词: 分布式计算 蛋白质-蛋白质相互作用网络 全局网络比对 积图 顶点划分 可扩展性
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 所属期刊栏目: 人工智能及识别技术
• 页码范围: 209-214,220
• 页数: 7页
• 分类号: TP393
• 字数: 7214字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-3428.2016.04.037

摘要

高通量技术的发展使蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的规模日益增大,需要高速算法对其进行全局比对.为此,分析集中式全局比对算法SPINAL,将该算法中耗时超过95％的计算估计值阶段移植到分布式平台Blogel下运算,求比对图阶段则仍保持集中式运算,以此得到Blogel-SPINAL算法.理论分析和实验结果表明,与SPINAL相比,Blogel-SPINAL能提升比对速度,具有较好的扩展性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周文剑	复旦大学计算机科学技术学院	1	0	0.0	0.0
2	靳婷	海南大学信息科学技术学院	3	19	2.0	3.0