番茄GRAS转录因子家族的生物信息学分析

• 作者: 姜秀明 牛义岭 许向阳
• 来源期刊: 中国农学通报
• 学科: 农学
• 关键词: 番茄 GRAS 转录因子 基因家族 生物信息学
• 年，卷（期）: 2016,（21）
• 所属期刊栏目: 生物科学
• 页码范围: 106-116
• 分类号: S641.2
• 语种: 中文

摘要

笔者旨在进一步了解番茄GRAS基因家族的结构特征和进化信息,为GRAS转录因子的后续研究提供理论基础.利用HMMER 3.0软件,通过从Pfam蛋白数据库中下载的GRAS保守域(PF03514),来鉴定番茄GRAS基因.采用MEGA5.2、Web Logo 3、DNAMAN 5.0、Map Inspect和MEME等软件对其蛋白序列进行生物信息学分析.采用RT-PCR技术检测番茄GRAS基因在番茄根、茎、叶、花和果实中的表达情况.番茄基因组共挖掘出53条GRAS转录子基因,划分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ 8个亚族.系统进化树结果显示Ⅴ和Ⅵ组中GRAS家族成员最多,且拟南芥的GRAS基因家族中基因功能类似的基因聚类的在一起,则可能同组内番茄GRAS基因家族成员也具有类似功能;染色体定位分析显示GRAS基因在12条染色体中呈不均匀分布;根据WebLogo 3.0对GRAS基因家族的结构域蛋白分析,结果显示GRAS基因家族的蛋白序列并不都是高度保守的;保守元件分析表明番茄GRAS基因家族成员是部分高度保守的.番茄GRAS基因家族大部分成员结构是高度保守,可能参与调控番茄生长和发育等过程.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	许向阳	东北农业大学园艺学院	176	1813	20.0	34.0
2	姜秀明	东北农业大学园艺学院	6	7	1.0	2.0
3	牛义岭	东北农业大学园艺学院	5	7	1.0	2.0