黑麦草 EST －SSR 分子标记开发及生物信息学分析

• 作者: 丛晓翔 于鸿翔 李家丽 林雪婷 王秀华 蒲艳艳 赵岩
• 来源期刊: 山东农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 黑麦草 EST -SSR 信息分析 引物设计 功能分析
• 年，卷（期）: 2016,（10）
• 所属期刊栏目: 生物技术?遗传育种?种质资源
• 页码范围: 1-6
• 页数: 6页
• 分类号: S543+.601
• 字数: 3418字
• 语种: 中文
• DOI: 10.14083/j.issn.1001-4942.2016.10.001

摘要

为加速分子标记在黑麦草中的应用，利用黑麦草 EST 数据库（GenBank ／dbEST）开展了黑麦草EST －SSR 信息分析、标记开发和 EST 功能分析研究。在25752条黑麦草 EST 序列中，共发现346条 SSR 序列，占整个 EST 总数的1．344％。其中，三核苷酸基序最多（39．60％），次之为二核苷酸基序（31．79％）。三核苷酸基序以 GGC ／CCG 出现频率最高，为8．38％，其次是 CGC ／GCG（7．51％）、GCC ／CGG（4．05％）和 ATG／TAC（2．02％），二核苷酸基序以 CT／GA 出现频率最高（14．45％），其次是 GA ／CT（10．98％）。根据这些含有SSR 的 EST 序列，利用 Primer Premier 5．0软件，对346条 EST －SSR 序列进行引物设计，共设计引物193对，其中分值在90分以上的有113对（32．66％）。利用 GenBank 的 BlastN 和 BlastX 程序对相应113条 EST 进行功能分析，72条 EST 序列与51种具有生物学功能的蛋白质同源。