基于氨基酸位置特异性的蛋白质Lo op区结构预测改进方法?

• 作者: 周昕 张传彪 袁飞 黎明
• 来源期刊: 物理学报
• 关键词: loop区结构预测 初始主链构象 氨基酸位置特异性 拉氏图
• 年，卷（期）: 2016,（15）
• 所属期刊栏目: 物理学交叉学科及有关科学技术领域
• 页码范围: 158701-1-158701-10
• 页数: 1页
• 语种: 中文
• DOI: 10.7498/aps.65.158701

摘要

蛋白质loop区的结构预测是理解蛋白质功能的重要一环,而长loop区的结构预测至今还是生物信息学中的难题。目前已经出现了多种loop结构的算法,其中LEAP是预测精度最高的算法之一,但它在长loop区初始主链构象采样上仍有较大的改进余地。本文中我们将蛋白质二级结构预测算法SPINE X与LEAP算法结合起来,构建了新的主链扭转角分布图(拉氏图),在主链初始构象采样中引入氨基酸在蛋白序列中的位置特异性信息,使得初始构象的采样更具针对性。对取自CASP10单链蛋白的loop测试集的分析表明,对长度为10,11,12个氨基酸的长loop区,改进后算法都比原始LEAP算法的预测精度有显著提升。这种引入氨基酸位置特异性从而提高预测精度的思路有望进一步推广至loop结构预测的其他算法。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	黎明	中国科学院大学物理科学学院	41	329	12.0	17.0
2	周昕	中国科学院大学物理科学学院	6	18	2.0	4.0
3	袁飞	中国科学院大学物理科学学院	9	470	6.0	9.0
4	张传彪	中国科学院大学物理科学学院	1	0	0.0	0.0