生物信息学分析肝癌干细胞中致瘤基因表达的差异

• 作者: 宋娜娜 李淑娜
• 来源期刊: 中国组织工程研究
• 学科: 医学
• 关键词: 干细胞 肿瘤干细胞 肝癌 致瘤基因 生物信息学 信号通路 生物功能 细胞培养 差异基因 基因芯片 组织工程
• 年，卷（期）: 2016,（23）
• 所属期刊栏目: 研究与报告 -- 肿瘤干细胞
• 页码范围: 3407-3412
• 页数: 6页
• 分类号: R394.2
• 字数: 3844字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-4344.2016.23.009

摘要

背景：研究认为，肝癌干细胞中致瘤基因表达与肝癌的发生、发展具有一定的关系，但目前尚缺乏对生物信息学和机制的研究。<br>　　目的：对于肝癌干细胞相关的致瘤性差异基因进行筛选，并对其进行生物信息学分析。<br>　　方法：将人肝癌细胞株HepG2作为肝癌干细胞的细胞工具制备总RNA并进行荧光标记，使用基因芯片进行杂交试验，将获得的 mRNA 表达谱进行筛选后获得差异性 mRNAs，利用生物信息学进行 GO注释和Pathway注释分析。<br>　　结果与结论：芯片杂交实验的检出率为73.21%，说明杂交试验是成功的；实验共有38342个mRNA被发现，进一步分析后，筛选差异性表达基因1236个(P<0.05，fold change≥2)，其中上调和下调表达基因的数量分别为599和637个(P <0.05)；表达差异基因的生物学功能主要涉及到了组蛋白的H4乙酰化，细胞的有丝分裂以及增殖、细胞相关蛋白质的合成以及分解、染色体的分离、细胞的分化以及凋亡、信号的转导、营养物质的运输、转录；Pathway 注释主要涉及细胞因子介导的炎症信号通路、Wnt信号通路、Hedgehog通路以及Notch通路、TGF-Beta和Jak-STAT等。结果证实，肝癌干细胞中的差异表达基因与肝癌的发生有关，也可能参与信号通路的调控，这可为肝癌的治疗提供一种新靶点。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	宋娜娜	中南大学湘雅医学院医学检验系	4	25	3.0	4.0
2	李淑娜	中南大学湘雅医学院医学检验系	5	25	3.0	5.0