基于银鲳RNA－seq数据中SR标记的信息分析

• 作者: 刘磊 张晨捷 彭士明 施兆鸿 高权新
• 来源期刊: 安徽农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 银鲳 转录组测序 SSR标记
• 年，卷（期）: 2016,（28）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 102-105
• 页数: 4页
• 分类号: S965.3
• 字数: 3924字
• 语种: 中文

摘要

[目的]开发银鲳分子标记技术。[方法]通过对银鲳（Pampus argenteus）进行高通量转录组测序（RNA－seq ）获得银鲳转录组原始试验数据，经过拼接后，获得3715603条unigene序列。采用生物信息学分析软件MISA对所有unigene进行简单重复序列（ simple se-quence repeat，SSR）位点鉴定。同时，利用软件对银鲳转录组SSR的多态性进行评价。[结果]银鲳转录组水平上，共鉴定出107007个SSR位点，分布在97289条unigene中，发生频率为2．62％，SSR平均密度为476个／Mbp。在银鲳转录组SSRs中，单核苷酸与二核苷酸重复序列为主要重复类型，分别占总SSRs的48．14％和34．10％。银鲳转录组数据中SSR序列共包括424种重复基元类型，单核苷酸重复基元A占较高比例，占同一重复类型SSRs的49．57％，二核苷酸重复基元TG／AC和三核苷酸重复基元GAG／AAC是优势重复基元，分别占同一重复类型SSRs的42．43％和9．61％。重复序列长度在12 bp以上的SSR标记位点数占总SSR的76．95％，具有丰富的多态性。[结论]银鲳SSRs位点具有极大的可开发性，可为银鲳遗传多样性研究、遗传图谱构建及分子辅助育种提供有效工具。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张晨捷	中国水产科学研究院东海水产研究所农业部东海与远洋渔业资源开发利用重点实验室	23	159	8.0	12.0
2	高权新	中国水产科学研究院东海水产研究所农业部东海与远洋渔业资源开发利用重点实验室	34	248	10.0	14.0
3	彭士明	中国水产科学研究院东海水产研究所农业部东海与远洋渔业资源开发利用重点实验室	72	1102	19.0	31.0
4	刘磊	中国水产科学研究院东海水产研究所农业部东海与远洋渔业资源开发利用重点实验室	6	81	4.0	6.0