红系细胞发育相关miR-196b的靶基因预测及意义

• 作者: 丁谨 刘芳 施继禹 胡彩艳
• 来源期刊: 山东医药
• 学科: 医学
• 关键词: 红系细胞 miR-196b 靶基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2016,（48）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 12-15
• 页数: 4页
• 分类号: R555.1
• 字数: 2718字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-266X.2016.48.004

摘要

目的 预测红系细胞发育相关miR-196b的靶基因,并探讨其作用机制.方法 应用miRbase数据库查找多物种已知的miR-196b成熟序列,比对后分析其在多物种间的保守性.应用miRanda、miRDB、Targetscan7.1、PITA和miRWalk数据库对miR-196b的靶基因进行预测,筛选重复率较高的靶基因.应用Cytoscape3.3.0和KEGG对重复率较高的靶基因进行GO分类富集分析和信号通路富集分析.查阅文献,再次筛选与红系细胞发育相关的靶基因,采用Targetscan7.1和RNA22分析其与miR-196b的结合情况.结果 22个物种具有miR-196b成熟序列,序列比对发现miR-196b在多物种间高度保守.靶基因预测结果显示,共得到5 004个miR-196b的靶基因,其中重复率较高的靶基因有302个.GO分类富集分析结果显示,miR-196b靶基因在生物学过程显著富集于发育过程、细胞过程和定位等,在分子功能显著富集于蛋白结合和物质转运等,在细胞组分显著富集于细胞突起和细胞器膜等(P均＜0.05).结合信号通路富集分析结果,筛选出43个与红系细胞发育相关miR-196b的靶基因,其信号通路富集于Ras信号通路、cAMP信号通路和PI3K-Akt信号通路等(P均＜0.05).结合文献,最终筛选出与红系细胞发育相关的miR-196b靶基因有5个,分别为GATA1、Cdkn1b、Pld1、Cdh1和Ntrk2,其中GATA1、Cdkn1b和Cdh1可与miR-196b直接结合.结论 红系细胞发育相关miR-196b的靶基因可能为GATA1、Cdkn1b、Pld1、Cdh1和Ntrk2;miR-196b可能通过对上述靶基因的直接或间接作用激活相应信号通路,在红系细胞的发育过程中发挥生物学作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘芳	青海大学医学院	35	104	6.0	8.0
2	丁谨	青海大学医学院	5	5	1.0	2.0
3	施继禹	青海大学医学院	4	10	2.0	3.0
4	胡彩艳	青海大学医学院	4	1	1.0	1.0