鲚属单核苷酸多态性位点(SNPs)标记开发及在物种界定中的应用初探

• 作者: 李晨虹 王倩 程方圆
• 来源期刊: 上海海洋大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 靶基因富集 基因标记 物种界定 SNP位点 BFD* 鲚属
• 年，卷（期）: 2017,（1）
• 所属期刊栏目: 水产生物技术
• 页码范围: 8-16
• 分类号: S917
• 语种: 中文
• DOI: 10.12024/jsou.20160401724

摘要

单核苷酸多态性(SNP)分子标记结合二代测序技术是研究群体遗传学强有力的工具,同时也是界定物种的最佳方法之一.与以往获取SNPs数据的常用方法相比,靶基因富集的方法可以用来富集不同物种的同源片段,甚至可以用于部分降解的DNA.本研究应用一套通用的脊椎动物单拷贝核基因标记,通过基因富集和Illumina测序获取鲱形目鲚属数千个SNPs位点.样本取自靠近长江入海口的沿海地区、长江干流和洞庭湖.用STRUCTURE和Bayes factor delimitation(*with genomic data,BFD*:一种新的物种界定工具)分析SNPs数据,发现洞庭湖的短颌鲚显著不同于其他采样点的样本,而从沿海地区采集的刀鲚与长江干流的个体之间的差异不明显(Bayes factor=11.3).研究表明,基因富集可以用来获得非模式生物的SNPs数据,结合新的分析工具如BFD*可用于物种界定.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李晨虹	上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室	4	11	2.0	3.0
2	王倩	上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室	15	77	4.0	8.0
3	程方圆	上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室	2	10	2.0	2.0