梁山慈竹体细胞突变体No.30的SLAF-seq特异分子标记分析

• 作者: 卢学琴 徐刚 曹颍 王懋林 胡尚连 黄艳 龙志坚
• 来源期刊: 植物研究
• 学科: 农学
• 关键词: 克隆植物 突变体鉴定 梁山慈竹 体细胞无性系 SLAF-seq
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 页码范围: 596-602
• 页数: 7页
• 分类号: S795.5
• 字数: 5085字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7525/j.issn.1673-5102.2017.04.016

摘要

梁山慈竹体细胞突变体No.30具有纤维素含量高、木质素含量高、纤维细胞长度长、纤维细胞长宽比大等特点,但由于梁山慈竹主要进行无性繁殖,不易获得纯合植株,突变体No.30的分子水平鉴定一直无法进行,严重阻碍了该突变体的推广利用.对梁山慈竹体细胞突变体No.30进行特异分子标记分析,并初步确定其性状变异来源.本研究利用SLAF-seq技术分别对突变体No.30以及同地区野生型梁山慈竹群体(CK)的基因组进行了简化基因组测序.经过了测序、建库、多态位点开发、特异多态性位点筛选等过程,最后对特异多态性位点筛选结果进行注释分析.结果发现突变体No.30的GC含量、纯合InDel数低于野生型梁山慈竹,而检测到的InDel总数以及杂合InDel数却高于野生群体.对SLAF-seq得到的InDel、SNP位点进行特异性筛选,获得了突变体No.30中稳定存在的特异InDel/SNP标签,包括特异C-T转换9381个、特异A-G转换9472个、特异InDel 329个.通过对这些特异SLAF标签进行注释,发现有6个特异SNP标签和1个特异InDel与纤维素合成相关,3个特异SNP标签与木质素合成相关,以及4个特异SNP标签和1个特异InDel与纤维细胞形态建成有关.这些结果表明突变体No.30在体细胞培养的过程中在基因组水平上发生了突变,并初步确定了其性状变异来源.但这些特异SLAF标签与突变体No.30在纤维素含量和木质素含量,以及纤维细胞发育等性状方面的相关性仍需进一步验证.