肺腺癌和肺鳞癌中mRNA可变剪接特征的比较

• 作者: 夏立新 王秀杰 陈梦竹
• 来源期刊: 深圳大学学报（理工版）
• 学科: 医学
• 关键词: 生物信息学 肺腺癌 肺鳞癌 可变剪接 外显子跳跃 可变起始外显子
• 年，卷（期）: 2017,（1）
• 所属期刊栏目: 生物工程
• 页码范围: 33-45
• 页数: 13页
• 分类号: R734.2|Q811.4
• 字数: 5637字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1249.2017.01033

摘要

利用SUPPA(a super-fast pipeline for alternative splicing)软件分析癌症基因组数据库癌基因组图谱中肺腺癌和肺鳞癌样本的RNA-Seq数据,发现在鉴定的7种主要可变剪接转录本中外显子跳跃转录本发生频率最高.通过癌组织与癌旁组织的比较,系统地鉴定了肺腺癌和肺鳞癌中差异表达的可变剪接转录本,发现约60％的差异可变剪接转录本是两种肺癌亚型所共有的.功能富集分析表明,癌组织特异的可变剪接转录本主要富集在细胞周期调控、脱氧核糖核酸代谢和核糖核酸代谢等生物过程中,而癌旁组织特异的可变剪接转录本则主要富集在囊泡介导转运、多肽转运和脂质转运等生物过程中.通过肺癌驱动基因可变剪接转录本的比较分析,鉴定了两种肺癌亚型共有或特有的可能具有癌驱动功能的可变剪接转录本.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王秀杰	中国科学院遗传与发育生物学研究所	11	23	2.0	4.0