寒兰转录组SSR信息分析及其分子标记开发

• 作者: 张亚楠 杨柏云 熊冬金 罗火林
• 来源期刊: 南昌大学学报（理科版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 寒兰 SSR 转录组 多态性
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 页码范围: 249-254
• 页数: 6页
• 分类号: Q949
• 字数: 3444字
• 语种: 中文

摘要

寒兰(Cymbidium kanran)是中国传统名花,其观赏与经济价值极高.简单重复序列(simple sequence re-peats,SSR),又名微卫星标记,有多态性高,非共显性等优势.基于转录组数据对SSR标记的开发具有经济效能高等优点,通过高通量测序平台对寒兰EST-SSR标记进行开发,了解其在转录组序列中的分布类型及特性,为寒兰的SSR多样性的分析及遗传图谱构建奠定基础.通过MISA程序筛选寒兰转录组测序得到的68699条unigene(序列总长60.06 Mb),并分析了其SSR位点分布情况,获得了9837个SSR位点,在总unigene的比例为14.32％,平均每6.25kb出现1个SSR.SSR位点中二核苷酸重复频率达到最高,占55.22％,其中AG/CT高达38.83％;接下来为三、单核苷酸重复,频率依次为25.37％和14.49％.利用Primer3共设计出6017对SSR引物.随机选取141对引物进行PCR扩增,有79对引物扩增得到的条带清晰可重复,15对在15个不同地区寒兰中表现出多态性.结果表明,本研究中设计的SSR引物在寒兰遗传多样性分析中具有较高的适用性,可用于寒兰的遗传研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨柏云	南昌大学生命科学学院	67	784	18.0	25.0
3	熊冬金	南昌大学生命科学学院	28	178	7.0	12.0
5	罗火林	南昌大学生命科学学院	22	48	4.0	5.0
13	张亚楠	南昌大学生命科学学院	3	6	1.0	2.0