陆地棉抗坏血酸过氧化物酶基因家族全基因组生物信息学分析

• 作者: 刘娜 吴金华 安亚茹 张艳 杨君 王省芬 马峙英
• 来源期刊: 棉花学报
• 学科: 农学
• 关键词: 陆地棉 APX基因家族 生物信息学分析 纤维发育
• 年，卷（期）: 2017,（1）
• 所属期刊栏目: 研究与进展
• 页码范围: 17-28
• 页数: 12页
• 分类号: S562.03
• 字数: 5467字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11963/issn.1002-7807.201701003

摘要

[目的]抗坏血酸过氧化物酶(Ascorbate peroxidase,APX)是过氧化物酶家族中的1类成员,可以清除活性氧.APX家族的生物信息学分析有助于更好地了解该家族基因.[方法]利用生物信息学方法,从中国农业科学院棉花研究所提供的陆地棉序列中鉴定出14条APX基因家族序列,并对这14个成员的染色体定位、亚细胞定位、进化关系、理化性质、信号肽、保守基序以及其编码蛋白的结构特征进行了预测分析,并初步分析了部分基因的表达.[结果]APX基因分布广泛,分散在不同的染色体上;且大部分APX蛋白定位在细胞质,是亲水性脂溶蛋白;有3个保守基序,保守性较强;基因起源和进化比较复杂;二级结构的主要元件为α-螺旋和无规则卷曲.根据表达分析推测,第1亚组和第2亚组的基因在棉纤维发育的不同时期起作用.[结论]这些结果有望为APX家族成员的结构与功能挖掘提供参考.