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中华绒螯蟹与长江华溪蟹胚胎发育相关miRNA识别与比较分析
中华绒螯蟹与长江华溪蟹胚胎发育相关miRNA识别与比较分析
作者:
严洁
刘莹莹
周开亚
孙宾
李鹏
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
中华绒螯蟹
长江华溪蟹
小RNA
miRNA
摘要:
利用Illumina/Solexa高通量测序技术,开展了中华绒螯蟹和长江华溪蟹胚胎的小RNA深度测序.对测序结果进行生物信息学分析,分别筛选获得中华绒螯蟹的8 569 743条和长江华溪蟹的8 719 465条干净序列(Clean Unique Reads),长度分布在20 nt~22 nt区间内的分别占有30.47%(Ejs-OB:中华绒螯蟹胚胎测序文库)和30.38%(SY-OJC:长江华溪蟹胚胎测序文库).用SOAP程序将小RNA定位到基因组,结果Ejs-OB中分析筛选出5 745 279个小RNA,其中13 472种小RNA与基因组的序列匹配;SY-OJC中分析筛选出4 397 509个小RNA,其中18 407种小RNA与基因组的序列匹配.分类注释的结果显示,中华绒螯蟹和长江华溪蟹分别有6 293 445(Ejs-OB)和5 596 614(SY-OJC)条miRNA候选序列,但未预测发现新miRNA.在表达水平的差异分析结果中发现miR-1183、miR-1357、miR-1591、miR-2382的表达水平上调且差异显著.在两文库中搜寻到一些共同miRNA*序列,其中miR-139*、miR-1419g*、miR-1798*、miR-202*、miR-2068*和miR-454*也是表达变异较大.这些结果表明,miRNA可能在调控与中华绒螯蟹和长江华溪蟹胚胎发育相关的基因表达中起重要作用.
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文献信息
篇名
中华绒螯蟹与长江华溪蟹胚胎发育相关miRNA识别与比较分析
来源期刊
南京师大学报(自然科学版)
学科
生物学
关键词
中华绒螯蟹
长江华溪蟹
小RNA
miRNA
年,卷(期)
2017,(2)
所属期刊栏目
生命科学
研究方向
页码范围
65-71
页数
7页
分类号
Q951+4
字数
4787字
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1001-4616.2017.02.011
五维指标
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引文网络
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节点文献
中华绒螯蟹
长江华溪蟹
小RNA
miRNA
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
南京师大学报(自然科学版)
主办单位:
南京师范大学
出版周期:
季刊
ISSN:
1001-4616
CN:
32-1239/N
开本:
大16开
出版地:
南京市宁海路122号南京师范大学
邮发代号:
创刊时间:
1955
语种:
chi
出版文献量(篇)
2319
总下载数(次)
4
总被引数(次)
17979
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