大规模开发及特性分析十字花科SSR分子标记及其数据库的构建

• 作者: 侯欣 张丽 李慧 杨帅
• 来源期刊: 植物学研究
• 学科: 农学
• 关键词: 十字花科 SSR 特异引物 通用引物 数据库
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 页码范围: 86-95
• 页数: 10页
• 分类号: S5

摘要

十字花科在植物界中是一种极具价值的科,简单重复序列(Simple Sequence Repeats, SSR)在十字花科的研究中发挥着及其重要的作用。本研究利用已知13个十字花科物种的基因组,借助生物信息学和比较基因组学的方法,获得了1,786,619个SSR位点及1,919,464对SSR引物。结果显示SSR位点广泛分布于十字花科物种的基因组中,其中1~3单元的重复在基因组和基因序列中占有率较高,二单元重复中的AT/TA重复单元的数目占总数目的大部分。利用435,414对物种特异性SSR,可以进行十字花科物种关联分析。11对通用引物的开发,说明了十字花科物种内存在一致性区段,可以进行引物跨物种扩增。本研究构建了世界首个十字花科SSR分子标记数据库平台(BSSRD, Brassicaceae Simple Sequence Repeats Database http://biodb.sdau.edu.cn/BSSRD),该平台将会在以后十字花科植物的遗传图谱的构建,基因定位和遗传育种中发挥重要的作用。